土地确权后若有争议，处理时可能因特殊情况或例外情形影响结果。
1、涉及国家利益或公共用途的争议：若争议土地用于修建公路、铁路等公共设施，政府可能依法征收，此时争议处理需优先服从国家利益和公共用途，争议方需通过征收补偿解决，而非单纯确认权属。
2、存在历史遗留问题的争议：因历史政策、行政区划调整等形成的土地确权争议，需结合特殊政策或法律规定处理。例如农村集体土地确权中，部分土地因“一平二调”等历史原因权属不清，处理时不能仅依现行法律，还需结合历史背景和政策综合判断，结果可能与一般争议不同。
3、涉及第三方利益的争议：若争议土地已出租、抵押给第三方，第三方需参与处理，其利益诉求会影响结果。处理不仅要确定双方权利归属，还需兼顾第三方合法权益，可能需多方协商或诉讼解决。
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土地确权后有争议，可能面临法律风险，以下举例说明。
1、诉讼时效风险：当事人对政府土地确权处理决定不服，若未在三十日内起诉，可能因超时效无法通过诉讼维权。例如某村民接到乡政府处理决定后认为不公，未在三十日内起诉，一年后再诉讼，法院可能因超时效不予受理或驳回。
2、证据链风险：处理争议时，一方若无法提供充分有效证据（如合法权属证书、连续使用证据等），其主张的土地权利可能不被支持。例如甲主张土地所有权仅提供数十年前手写协议，无官方权属证明，而乙有合法使用权证，甲的主张可能因证据链不足不被认可。
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土地确权后有争议，处理途径是法定的。应依据《土地管理法》，通过协商、调解或诉讼解决。
首先尝试自行协商，沟通达成一致是最便捷方式。协商不成，可申请人民政府处理：单位间争议由县级以上政府处理；个人间或个人与单位间争议，由乡级或县级以上政府处理。对处理决定不服，可在三十日内起诉。争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
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土地确权后有争议如何处理，需明确法律依据。
《中华人民共和国土地管理法》第十四条规定：“土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。”结合争议情况，若无法协商一致，应先向相应政府申请处理（法定前置程序）；对处理决定不服，可在法定期限内起诉，明确解决路径需遵循上述法律规定。

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